もし終点まで乗らず途中の駅で降りた場合、次の駅以降に同じ座席に座る方がいらっしゃる場合がありますので、その方にためにもゴミ箱に捨てたほうがいいと思います。
そのほうが、車内清掃の方も楽だと思います。

自分が席に座ろうとして、ゴミが置いてあったら、いい思いはしませんよね。

やっぱり、デッキに備え付けのゴミ箱に捨てるのがマナーではないでしょうか？

昔は座席の下にゴミを置いておくのをよく見ましたし、自分もそうしていましたが、
いまはないですね。マナーも時代によって変わりますね。