関西ですと、学研都市線の四条畷駅は、四條畷市ではなく隣の大東市にあります。
駅名の漢字も「条」と「條」で違いますね。

新京成電鉄の習志野駅も、習志野市じゃなくて船橋市にあったりします。

品川駅は北品川駅より北の港区内にありますね。

小田急線とJR相模線の厚木駅も、海老名市にありますね。

埼玉県では、浦和が付く駅名でも浦和駅、北浦和駅は、浦和区ですが、南浦和駅、中浦和駅、武蔵浦和駅は南区、東浦和駅、浦和美園駅は、緑区にあります。

有名なところでは目黒駅。
目黒区ではなくて品川区が所在地となっています。