国道58号はほとんど海の上ですよ。鹿児島から種子島、奄美経由で沖縄本島までの道とされているところですが、当然ながらクルマが走れる道路はわずかしかないという…変ですよね。

清水峠を越える国道291号は、いわゆる「点線国道」だったと思います。

たとえば、峠付近で道路が途切れて車両が通行不能になっている国道は全国各地にあります。これは、国道の指定にあたり「〇〇から△△へ至る道路」と、ネットワークとして行うため、指定の時点は「今はとりあえず獣道でもいいから結んでおけ」となった結果です。当然、将来その峠にトンネルなどが開通することが見越されており、現在の通行を想定したものではありません。
その他にはフェリーの航路を国道に指定した「海上国道」が有名ですね。