アクアラインには鉄道用のスペースは用意されていません。もともと道路のみの計画ですから。
アクアラインは現在は4車線ですが6車線化は可能な設計になっていて、トンネルの坑口は3本目を掘れるスペースがあり、橋は外側に1車線ずつ拡幅できるスペースがあります。これを転用して鉄道を通すべきという主張も一部ではされましたが、鉄道に使うにはスペースが足りないとのこと。
詳しくは以下のサイトをどうぞ。
https://concours.toshokan.or.jp/wp-content/uploads/contest-summary/200003.html

少々趣旨がズレますが、アクアラインではなく、富津岬〜久里浜を（トンネルで？）結んだら、横須賀線ー総武線の大環状線が出来ますね。
一部需要は有りそうだけど、採算はどうだか・・・

アクアトンネル内は車道の下が管理用・避難用の通路となっていますので、鉄道用のスペースはありません。