東京の初乗り値下げ以降、わりとちょくちょく利用しています。ワンメーターで行くかと思いきや、行かないのですが、それでも720円よりは安いという距離をよく使います。

ワンメーターであっても、料金が設定されている以上、その料金内で乗車する事に法的、倫理的問題は全く有りません。
まあ、運転手またはタクシー会社の都合によっては、歓迎されないとか敬遠される場合もあり得るでしようが、営業妨害しているのでもない限りは単に気持ちの問題ですので、先の方の書かれた通り、
乗車の際に一言断りを入れるか、乗り込む前に行先を告げて了解を得るなどすれば、堂々とワンメーターで降りて構いません。
構わないと思います。
構わないんじゃなぃヵn•••

東京23区などでタクシーの初乗り運賃が下がって間もないころ、タクシーの運転手に、初乗り運賃で乗る人はいるのか聞いたことがあります。
そうしたら、結構、高齢の方が買い物をする際に利用しているのだそうです。あとは、駅から家までわずかな距離だけど、坂道（上り坂）になっているので利用するのだそうです。
ですので、気兼ねなく利用して問題ないと思います。

荷物が多い場合とかは、利用しても全然問題ないと思います。
乗車するときに、運転手さんに「近くて申し訳ないんですが…」みたいに、ひと言伝えれば、そんなに嫌な顔はされないと思います。