京都～橿原神宮前間の近鉄京都線と近鉄橿原線は、線路の幅が新幹線と同じ1435mmです。これに対し、橿原神宮前～吉野間の近鉄吉野線は、線路の幅が一般的なJR在来線と同じ1067mm。つまり、線路の幅（軌間といいます）が異なるため、かんたんにいえば車輪のサイズがあわず、物理的に京都から吉野まで直通できないのです。

ただ現在、車輪の位置を動かして異なる線路の幅に対応できるフリーゲージトレインを使って、直通できるようにする計画があるので、将来的には乗り換えなしで京都から吉野へ行けるかもしれませんね。

線路が違うって聞いたことがあります。