私も身障２種なので、遠方に行く際は使ってます。
一つの指標として、連絡運輸を扱っているかどうか？の情報が掲載されているサイトは参考になります。（ http://mars.travel.coocan.jp/transfer.html ）

補足の通り大井川鐵道線内のみの利用ですと割引が一切ありませんが、JR東海の「東京、新横浜、小田原、熱海、三島-名古屋(市内)間、岐阜」の各駅からのきっぷなら障害者割引が適用できます。実際私も東京駅のJR東海のきっぷうりばにて、東京都区内〜千頭のきっぷを半額で買うことができました。(都区内で乗り降りできるのに、みどりの窓口では取り扱いがなくJR東海のきっぷ売り場まで事前購入しなければならない点が不便でした(^◇^;))

真岡鉄道は線内可で、小児きっぷをお買い求めくださいという対応でした。
窓口だと混雑による乗り遅れなどの心配がありますが、券売機で買えると便利ですね。ゆりかもめは常駐している係員さんがセンターとやりとりして、障割適用きっぷ画面に切り替えてくれました。

あとはえきねっとの「お先にトクだ値」が障割以上に安い場合もあります。
乗車券＋特急券(料金券)の合算から35%〜40%引が適用されます。例えば東京〜安房鴨川間「特急わかしお利用」で、通常4310円、障割適用3000円ですが、お先にトクだ値40%引だと誰でも2470円となります。連絡運輸、おトクなきっぷのレパートリーを把握しておくと慌てずにお得な切符で旅できて、お土産や観光代に還元できるのでうれしいですね。