強羅から早雲山に向かう「箱根登山ケーブルカー」はIC使えませんでした。

真岡鐵道も非対応です。またICOCAの残高消化に関東鉄道常総線に乗ろうとした際、使えず問い合わせたところ「PASMOとSuicaのみ対応しています」とのことでした。

上毛電気鉄道とわたらせ渓谷鐵道もICカードの利用はできず、きっぷを購入することになります。

千葉県の芝山鉄道も交通系ICカードは非対応となっています。

秩父鉄道はICカード未対応です。

ひたちなか海浜鉄道湊線が首都圏に入るのであれば。
鹿島臨海鉄道 大洗鹿島線なら首都圏に近づいてるかな？

新交通システムの山万ユーカリが丘線も、交通系ICカードは利用できなかったと思います。