鉄道内部でもよく注意書きが回っていたのだが、小松（北陸本線）、小松島（小松島線）、小松島港（小松島線）、小松港（大畠・小松航路）は手小荷物受付の際注意するようにという通達が来ていた。小松島港、小松港は廃止になってしまったが。

京成「臼井」と北総「白井」ですかね。
あまりにも紛らわしいので前者はひらがな表記されています。

京成は「酒々井(しすい)」と「うすい」と「志津(しづ)」という似たような響きの駅が近くに固まってて面白いですね。

名鉄の春日井とJRの春日井、同じ春日井だけど、場所が全然違う、同じような感じで名鉄の味美と城北線の味美も、しかも名鉄は同じ小牧線の駅ときたもんだから大変。

大阪環状線の野田駅と阪神本線の野田駅は、離れた場所にあるのに同じ名前なのでややこしいですね。
都電雑司ヶ谷と雑司が谷もいつか間違えそうです。

漢字でみた場合、西武新宿線の鷺ノ宮（さぎのみや）駅と東武伊勢崎線の鷲宮（わしのみや）駅も間違えやすいのかと思います。

富士急行の富士山（ふじさん）駅と上毛電気鉄道の富士山下（ふじやました）駅でしょうか。
訪日外国人が日本最高峰の富士山の最寄り駅と間違えて、富士山下駅に訪れる事例が多いとのことですが、富士山駅は2011年に富士吉田駅から駅名を改称したので、だいぶ間違いは減っているのかとは思います。

同じ「かすみがせきえき」でも、東京メトロの「霞ケ関駅」と東武東上線の「霞ヶ関駅」とでは、えらい違いになってしまいますね。

草津駅と、長野原草津口駅が間違えそうですね、、

日豊本線の「苅田駅（かんだえき）」集合と言われて、間違って東京の「神田駅」に行ってしまったら、目も当てられません…。

新丸子駅と下丸子駅も間違いやすい駅として知られています。
どちらも東急電鉄の駅ですので、間違えても多摩川駅で乗り換えればすぐに目的の駅に行くことができます。

西武池袋線の「保谷駅」と南武線の「谷保駅」は間違いそうですね。

東京メトロ有楽町線・副都心線千川（せんかわ）駅と京王線の仙川（せんがわ）駅でしょうか？

書けば一目瞭然なのですが、耳では常磐線の「勝田」と「竜田」が良く似て間違え易いです。
かつて「常磐線のカツタ駅でひたち(号)を降りて」と言われた人が、タツタ駅には停まらないため、どうしたらいいか悩んだと言う話が有ります。