自分は進行方向右側です。
右側は3人掛ですので、空いていれば真ん中の席には人が来ません。

自分だったら進行方向左側です。
子牛力ビーフさんも回答されていますが、午前中の列車に乗る場合は日差しが入ってきません。景色も順光で見ることができます。
また、自分だけかもしれませんが、右側の席ですと、眠っているときに対向列車とすれ違うと、音と揺れで起こされてしまうことがあります。

自分は右側でしょうか。上野～東京間だけですが、田端運転所や尾久車両センターがちらりと見えますし、赤羽から先の区間では埼京線と併走（追い抜き）する場合がありますので。

左(山側)をお勧めします。
特に決め手は無いのですが、敢えて勧める理由を挙げると、
・二人がけ(記憶が間違ってたら済みません)
・午前中は陽が差し込みにくい(午後移動だったら済みません)
・上り列車に視界を妨げられない(すれ違いが楽しみでしたら済みません)
といったところです。