眺めの良い、とは少し違うかも知れませんが、次のGTOさんの質問への回答で書いた湘南新宿ラインと上野東京ラインの車窓から見えるいくつかのプロジェクトの進捗具合を興味深く眺めています。
1~2ヶ月に一度くらいの頻度で出向く機会があるので、変化の具合を楽しみにしています。

鶴見線の鶴見～国道間でしょうか。
東海道本線や横須賀線、京浜東北線、京浜急行の線路を跨ぎますので、どんな列車と遭遇するかが楽しみです。

今はえちごトキメキ鉄道でしたっけ？
旧北陸本線の糸魚川～親不知あたりが好きでした。

羽越本線の日本海沿いを走る光景が好きです。
左に佐渡、粟島、飛島を。右には鳥海山や田んぼ…。
海も山も２度美味しい景色だなぁ〜と思います。

・中央線、韮崎から小淵沢方面へ上がっていくところの北側車窓
・関西線（非電化区間）、川沿いを走る大河原、笠置付近
が個人的にオススメです。

あとすごく身近なところで、山手線の恵比寿から五反田にかけて、車窓が地中（掘割）になったり開けたりというアップダウンもお気に入りです。これは埼京線からのほうがより感じられるかもしれません。

東海道本線早川～根府川が好きですね。
海からの日の出もいいのですが、午後だと海が青々とします。

以前に、北大路さんからの質問でも回答しましたが、多摩都市モノレールから見える景色はなかなかです。
冬晴れのときは富士山がきれいに見えます。