東急東横線の都立大学駅は駅名を変更したほうがいいような気がします。
八王子の首都大学東京が「東京都立大学」に名称を変更しますので、間違って降りる人がでそうですし。
駅名を変更するのでしたら「碑文谷」がいいいですね。

湖西線堅田駅〜琵琶湖線守山駅を結ぶLRTが欲しいですね。
湖の東西で完全分断されている滋賀県、JR沿線以外はど田舎かと思いきや、守山市内は案外海辺まで市街化されています。
ピエリ守山も土日は混雑、私立中高もあり、守山堅田線のバスは頻発運行。需要があるルートではないでしょうか。LRTなら琵琶湖大橋も容易に渡れるはず…

新駅ではないのですが、実現してほしいのは西武鉄道池袋線秋津駅とJR武蔵野線新秋津駅との連絡通路。それとJR南武線稲田堤駅と京王相模原線京王稲田堤駅との連絡通路です。
雨の日とかは、いちいち傘をささなくてはいけないので、乗り換えが面倒です。

京成成田空港線(成田スカイアクセス)の土屋駅(仮称)。

JR成田線を跨いでいるので、出来ればJRの駅も。敷地的には申し分なく(イオンがロータリー用地を提供してくれるとも？)、土台的にもある程度出来上がっている。
ただし出来たとなると成田駅の地位低下、地盤沈下を招きかねないので、成田市としては慎重論か。

武蔵野線も府中本町以南の貨物線に定期旅客列車が走ってくれればいいのですが。
京王相模原線稲城駅付近に駅を新設して、梶ヶ谷貨物ターミナル駅も一部旅客駅化。そして鶴見から東海道本線に入って大船あたりまで運転とか（新川崎駅の停車は難しそう）。
ただ、鶴見で東海道本線上り線から貨物線に入るには、東海道本線の下り線と平面交差しなくてはならないので、列車本数を増やすにはネックになるかと思います。

作ってほしい駅と言えば、東海道新幹線の静岡空港駅ですね。でも停車するのは「こだま」だけ（よくて「ひかり」）でしょうか。
駅ができれば、しずてつジャストラインは大打撃を受けてしまいますけど、訪日外国人は到着後、すぐに新幹線に乗れるので便利になるのかと思います。

関西本線（JR大和路線）と近鉄橿原線が交差するところに駅を造ってほしいです。近鉄郡山駅と郡山駅とは距離が離れているので。でも、駅ができても需要はないのでしょうか…。

京急大師線の「産業道路駅」が地下化で改称されるのでしたら、「新産業道路駅」にしてほしいですね。