箱根登山鉄道3000形、3100形の「アレグラ号」は固定ですがクロスシート車です。

八高線の非電化区間で使用されているキハ110系200番台も、出入口部を除いてボックスシートですね。

日光線で使用されている205系「いろは」も一部がボックスシートになっていますね。普段は日光線の定期列車に使用されていますので、ボックスシートに座れれば乗り得列車なのかもしれません。

伊豆箱根鉄道大雄山線で使用されている5000系電車のうち、第6編成と第7編成は、扉間の座席が転換クロスシートになっています。
同じ伊豆箱根鉄道の駿豆線7000系電車もクロスシートですが、駿豆線は静岡県。首都圏ではありませんので…。

セミクロス車であれば、東武鉄道の6050系電車もそうですね。南栗橋以南には乗り入れなくなってしまいましたが…。

（誰か知ってる人が答えてくれるのを見守っていました）
あってもセミクロスシートが大半ですよね(^◇^;)
ライナーではなく日中からクロスシートが定着して欲しいです。

JR本体が一昔前と比べてだいぶ高速化して、ローカル線から通勤している人も含めれば、鹿島臨海鉄道の6000形などがあります。あとはセミクロスですが西武秩父線もほぼ4000系運用なので、それで通勤している人もいるかもしれません。