将来的には001系が特急として副都心線や東横線に乗り入れる可能性はあると思います。
どちらかといえば、通勤需要を見越して平日早朝の飯能発元町・中華街行きでしょうか？　
停車駅は、飯能→入間市→所沢→新宿三丁目→渋谷→自由が丘→横浜→みなとみらい→元町・中華街で

通勤輸送はS-train、行楽輸送はラビュー、というように分担が進むように思います。

新型特急001系「Laview」は地下鉄乗り入れ対応車ですが、まずは池袋線の10000系「ニュー・レッドアロー」を置き換える予定ですので、40000系の「S-Train」はしばらくは東横線で使用されるかと思います。

001系「Laview」は地下直対応ですので、可能性はあると思います。
元町・中華街発西武秩父行きの特急が実現すればいいですね。ただし、東急東横線・東京メトロ副都心線の既存の特急と区別するために、「S特急」とか愛称をつけないと利用客は混同しそうです。

あと、平日朝の上り「S-TRAN102号」豊洲行きは、わりと乗車率がいいので、40000系のL/C車は池袋線に残るかと思います。001系「Laview」にしてしまうと、10両→8両になってしまうので、輸送量が減少してしまいます。

西武9000系はVVVF化して、メトロの保安装置を増備してもなお重くて有楽町線・副都心線側へ入線できない問題がありましたから、そうした問題のない新宿線内の運用は10000系が長く続くように思います。

いっそ逆方向(横浜・元町方面)のS-train（もはやQ-trainですね汗）があってもいいのでは？と思います。少なくともJRよりは安いですし、分散効果も期待できますし、競合によって使い勝手も良くなりそうな気がします。そうなると京急も黙っていられないかとは思います。

平日朝ラッシュ時間帯に001系を使用した通勤着席特急があればいいですね。それも、元町・中華街行きだけでなく、元町・中華街発の列車も設定。当然、渋谷～横浜間は無停車で。