副都心線の池袋駅から西武池袋線の池袋駅に行くのも結構歩きます。

分かりやすいのは、一番渋谷側のエスカレータを上がって丸ノ内線ホームを歩き、中ほどの階段を上がって丸ノ内線の改札を出ていく方法です。
小竹向原まで行って西武有楽町線に乗る手もありますが、時間帯によっては西武有楽町線の本数が少なく、池袋で乗り換えたほうが目的地に早く着ける場合があります。

小田急町田駅とJR町田駅。
国鉄時代の原町田駅の名残で、両者間の間に連絡デッキ(昔はマラソン道路とも)が架かっています。
土日平日朝昼夜お構いなしにゾロゾロゾロゾロ・・・。

都営大江戸線と浅草線の蔵前駅。地上に出て500mくらい徒歩、方面によっては交差点を渡ることになります。これを自社路線の「乗り換え駅」とする？ってレベルです。

同駅名でも全く別駅の
東武・メトロ・都営の浅草駅
と
つくばエクスプレスの浅草駅。
なお、東武の浅草駅と都営の浅草駅も
一旦建物外に出る必要があり、結構遠い。
(メトロの浅草駅を通れば外に出る必要はないが、通り抜けには入場券が必要)

乗り換えで分かりにくいのが、鹿児島本線・筑豊本線の折尾駅でしょうか。短絡線のホームもありますので、慣れないと余計に歩いてしまうかもしれません。

すでに鹿児島本線のホームは高架化されていますが、3月16日からは鹿児島本線ホームの北側に筑豊本線（若松線・福北ゆたか線）の高架ホームが出来上がります。これでまた少し迷ってしまいそうです。
でも、ゆくゆくは短絡線ホームも高架化されて駅舎が一つに統一されますので、完成の暁には便利な駅に生まれ変わることでしょう。

西武秩父駅と御花畑駅は10分ほどみておく方が良いと思います。
途中には秩父鉄道の踏切があり、また秩父鉄道はSuica/PASMOに対応しておらず紙のきっぷなので、秩父鉄道への直前ぎりぎりの駆け込みも無理です。

西武新宿線本川越駅からJR川越駅に行くのも遠いですよね。東武東上線を使うのであれば川越市駅のほうが近いのですが…。

関西だと既出ですが、やはり名駅ですね。
地図だとわかるのに、実際人が多すぎてわかりにくくなっているように感じます。

あとはマイナー需要になりますが、西武新宿から雨やこの時期だと冷たい風や雪などに濡れずに新宿駅に乗換えるために「新宿サブナード(地下街)」経由で行くと、早歩きでも10分弱かかると思います。ですが本屋さんで時刻表眺めたり、カフェやレストランに寄ったりでなんやかんや楽しみがあります。

西武鉄道池袋線の秋津駅とJR武蔵野線の新秋津駅。
京王相模原線の京王稲田堤駅とJR南武線の稲田堤駅。

どちらも、微妙な距離ですね。

東海交通事業城北線の勝川駅とJR中央本線の勝川駅も乗り換えには5分以上かかります。しかも屋根付き通路はないので、雨の日だと傘をささなくてはなりません。
将来的に城北線の勝川駅が中央本線の勝川駅に移設されるようですが、いつのことになるのでしょうか。

近鉄名古屋駅や名鉄名古屋駅から、あおなみ線の名古屋駅への乗り換えも歩かされますね。
近鉄名古屋駅からだと約17分かかります。