そうですね。4両編成の生駒線の列車が奈良線内を直通するのは、早朝・深夜帯なら何とかなるでしょうが、日中だと混雑してしまいそうですね。
仮に、生駒駅の配線問題をクリアして直通運転ができるようになった場合、奈良線内の運転区間は生駒～東花園間にして、東花園で奈良線の列車に接続するようにすればいいのかと思います。

子牛力ビーフさんが回答されていますように、配線の問題が一番ではないでしょうか？

推測ですが、
ひとつは、渡り線の構造上、生駒線→奈良線大阪方には直通出来ても、その逆の直通が出来ないため。
（渡り線の新設もしくは、生駒駅到着後の送り込みが必要）
もうひとつは、生駒線が4両編成、奈良線が6〜10両編成であるため、直通運転による輸送力の調整が負担になるため。
総合して、渡り線新設の設備投資をしてまで生駒線を直通させるメリットが見当たらない、と言うことではなかろうかと思います。

当然、車両運用面でも色々やり繰りは必要になるでしょうし、そう考えるとハードルは高そうですね。
何事につけ、出来ない理由と言うものはいくらでも出て来るものですな(-_-)