都営地下鉄では終電後に一般車に積み込んで、朝までに設置しているようです。
https://youtu.be/3mToiVjJW9c

東京メトロ銀座線は第三軌条の電流等も確認し作業員の安全を確保しながら、設置されている模様です。
https://youtu.be/RrQJr6DHhAY

岩本町をよく使いますがまずはドア部分以外(壁部分)から先に取り付けて、数日後にホームドアとして稼働する箇所の設置をしているようでした。想定される不測の事態のテスト（オーバーランなど停止位置をずれてしまった時の動作や誤作動チェック、人や障害物を挟んだ際の対応、ホームドアに附属の非常ボタン、停電や災害時対応etc...）を一通り訓練してから、実際の運用開始をするのではと思います。

ホームドアを設置した後は配線作業を行うほか、乗務員の訓練も行わなければなりませんので、実際にドアが稼働するまではある程度の期間を要しているようです。