新金(貨物)線と越中島支線を直通するような列車が欲しいです。
まずは東京の大きな駅に出ないと移動できない不便さが、やはり面倒に感じる時があります。

地下鉄８号線の方が実現可能性はまだ高いと思いますが、外を走る開放感はJRのなせる技だと思うので密かに期待しています（笑）

筑肥線（電化区間）の列車は、福岡市営地下鉄の福岡空港まで直通運転をしていますが、箱崎線の貝塚までも直通運転してほしいです。中洲川端で乗り換えるか、姪浜で始発の貝塚行きに乗り換えとなってしまいます。

質問の趣旨とは異なりますが、651系がリバイバル的な活躍をする機会が増えてきているので、
いわき〜伊豆急下田直通で、特急「フラガール踊り子」とか運転してくれたら、と思います。
もちろん、湯本温泉と下田温泉の宿泊プランもセットで。

走ってくれたら絶対見に行く(乗らんのかい！)

やっぱり、武蔵野貨物線を通る列車でしょうか？
臨時列車では「ホリデー快速鎌倉」が運転されていますが、武蔵野線の府中本町行きを定期で延長運転すればいいと思います。武蔵野線西部地区から横浜方面へのアクセスが向上します。
ただ、横浜駅では折り返しができませんので、どうしても大船まで運転しなくてはなりません。さらに、8両編成なので横浜～大船間の輸送力が不足してしまいますが。

中央線と武蔵野線の短絡線と、武蔵野線と西武線の接続線を使って、立川発飯能行きとか立川発特急西武秩父行きとかがあるといいですね。
といいますか、武蔵野線と西武線の接続線に乗車したいだけでなんです。