予土線の「しまんトロッコ」は貨車を改造した車両なので、
乗り心地がそれなりに悪く、「トロッコ」としてはある意味正統派だと思います。
ガタンゴトン感をひと際味わいたいならおすすめです！

「瀬戸大橋アンパンマントロッコ」に乗って瀬戸大橋上から瀬戸内海を見るのはいかがでしょうか。瀬戸大橋上で特急や快速とのすれ違いも楽しめそうです。

自分が乗ってみたいのは、嵯峨野観光鉄道のトロッコ列車です。
5号車の「ザ・リッチ」は窓ガラスがないオープン車両ですので、サクラの開花時期に乗ってみたいですね。

潮風号、私も九州鉄博とセットで行ってみたいな〜と思っています。
厳密にはアプト式列車かもしれませんが、大井川鐵道のダム建設時に作られ観光路線化した千頭〜井川間はいつか往復してみたいなぁと思っています。個人的にはかわね路号で満足してしまっていて、まだ先にいたことがありません(^◇^;)

あとは木次線の奥出雲おろち号も気になっています。
いずれも（雪景色も魅力的かとは思いますが）やはり春夏の暖かい時期に行きたいですね。

「トロッコ列車」でなく「黒部峡谷トロッコ電車」で親しまれている黒部峡谷鉄道もいいですね。
料金がかかりますが、横一列3人掛けの「リラックス客車」でちょっと贅沢するのもありかもしれません。
乗るなら夏場がいいかもしれませんが、トンネル内は結構寒かった記憶があります。

会津鉄道のお座トロ展望列車もいいかと思います。トロッコ整理券の購入が必要ですが、「トロッコ席」のほかに「お座敷席」と「展望席」が選択できます。
主に4月から11月までの土日に運転されていて、会津若松発会津田島行きが「花号」と「星号」、会津田島発会津若松行きが「風号」となります。展望席は会津若松側になりますので、「風号」ではトロッコ席ではなく、展望席にするのもありかと思います。

東京に近いところといえば、小湊鐵道の「里山トロッコ」がいいですね。沿線に菜の花が咲くシーズンは景色もいいでしょう。もちろん、事前に整理券を予約することをお勧めいたします。

自分が乗りに行きたいと思っているのは、わたらせ渓谷鐵道の「トロッコわたらせ渓谷号」です。
4月から11月に大間々～足尾間で運転されますが、トロッコ車両は京王5000系（昔のです）を改造、普通客車は元JR東日本12系で、客車列車の旅が楽しめます。
わたらせ渓谷鉄道では気動車の「トロッコわっしー号」も運転されていますので、行きと帰りで乗り比べをするのもいいかと思っています。
いずれにしても、暖かくなってから行きたいですね。