私も、都営だけで行けるからといって、遠回りとなる大江戸線ルート（都庁前乗り換え）を指定されたことがあります。経路くらい選ばせてほしいところですよ。北総とかTXとか高い路線を使うわけじゃないんだから…

うちの会社も最安ルートです（経営者側からすれば当たり前ですよね）。
最安ルートだと途中駅での乗り換えに時間がかかってしまいますので、あえて乗り換えの少ない別ルートの定期券を購入しています（差額はもちろん自腹です）。

前の会社でも当然最安ルートでの定期代支給でした。
ただ、会社に近いところからバスで通勤する人と、やや遠い場所から電車で通勤する人とでは、バスで通勤する人の方が定期代が高いということで、電車通勤の人から「なんかおかしくない？」という意見が出たことがあります。

会社の規模によると思います。何回か転職して、最初の会社では最安値で買った定期をコピーして渡さないと交通費がおりませんでした（汗）２社目は「一月の交通費支給限度内ならどんなルートでもいいよ〜」という感じで、結構空いてるルートで来る同僚も多かったです。

自腹なら大概許してくれる会社が多いかなという印象ですが、万一通勤途中で怪我すると労災申請手続きなど面倒な事務処理があるようで、人手の足りない会社では面倒そうな空気が漂ってますね（微笑）。２社目は総務は外部委託だったので、手慣れているようでした。

脱線しますが・・・

最安ルートを従業員に強いておきながら、役員悉く運転手つき役員車で会社にやってくるという、経費感覚もクソもない会社もありますね(笑)。利益の出せていない会社なら、株主の逆鱗に触れてしまいそうな・・・。
せめてマイカーを自分で運転して来いよ、という感じです。

もっとも、儲かっている会社は規模に関わらず新幹線通勤を認めている会社もありますね。
そういった会社なら、北総や東葉高速、つくばエクスプレスでの通勤も前々構わないのでしょう。

以前に勤めていた会社は山手線が最寄り駅でした。当然ながらその最寄り駅までの最安ルートが定期代として支給されていましたが、定期券（磁気定期券）はあえて山手線の区間を品川まで伸ばして購入していました（差額は自己負担）。東海道新幹線利用時や買い物時に品川で精算しなくて済みましたので。

※本当は山手線均一定期券にしたかったのですが、さすがに値段が高くて買えませんでした