私の場合は寄居PAです。
食事時に関越自動車道を走っているときは必ず立ち寄りレストランで食事をします。
星の王子様をモチーフにしたPAになっており、コンフィがとてもおいしいです。
レストランでは、物語に出てくる名前を店員の方が名乗っており、名札を見て楽しんでいます。

東名高速道路「由比PA」下り線は、海沿いの狭い空間にかろうじて1.5車線分くらいのスペースを設けたような、簡素で殺風景なPAです。本線とは背の低いガードレールで「とりあえず仕切られている」状態で、目の前を大型トラックが爆音で駆け抜けていく様は圧巻です。

同じ構造で、首都高湾岸線に「大井PA」がありますが、こちらは湾岸道路・貨物ターミナルに挟まれ、都会ならではのシステマティックな構造で、通勤電車の緩行線の駅のような趣があります。

両方とも「秘境駅」の雰囲気があり、前者は「山間部の秘境駅」、後者は「都会の秘境駅」と、また違った萌えポイントがあります。おすすめです。

あまりにもベタ過ぎますが、浜名湖ＳＡです(笑)

景色はやはり絶景かと思います。

まったくの個人的な感覚ですが、夕日の頃合いに、ここから湖を眺めていると、サザンオールスターズの「栞のテーマ」が聴こえてくるんですよ・・・。何故かは分からないんですけどね(笑)

俺の場合は、名古屋方面の長篠設楽原PAです。
合戦を意識した内容であり、名古屋方面は信長側をモチーフにして資料などもある上、販売しているので非常に拠り所がある休憩所となっています。
因みに東京方面は武田側でショボいので寄らない方が良いかと。

他にも舞鶴若狭道の六人部PA神戸方面も良いと思います。
ここでは辛い鬼カレーや鬼ラーメンがあるので辛いもの好きならうってつけです。
因みに鬼カレーは売店でも購入可能ですよ。

他には東海北陸道の瓢ヶ岳PA富山方面や上信越道松代PAなどもおススメです。

最近は行ってはいませんが、以前はよく上信越自動車道の横川SA（上り線）に吸い込まれたことがあります。
目的は「峠の釜めし」で、キハ58系のモックアップを見るのも楽しみでした。

浜名湖SAは距離的にも立ち寄る頻度が高いですね。東京方面からであれば海老名か足柄SAから、大阪方面からであれば土山SAから、その次の休憩は「浜名湖まで（途中立ち寄らずに）行っちゃおう」って思うポイントです。

すごくベタで恥ずかしいのですが、中央自動車道の談合坂SAですね。
下り線の「リトルマーメイド」で「談合坂あんぱん」を買うのが楽しみです。