貨物列車ですと、札幌貨物ターミナルと福岡貨物ターミナルを結ぶ列車が一番長いのかと思います。走行距離にして約2118kmです。

札幌貨物ターミナル発の列車番号は98～3098～2071列車。福岡貨物ターミナル発は2070～3099～99列車で、確か、東青森と吹田で列車番号が変わったと思います。
本州内は、奥羽～羽越～信越～えちごトキめき～あいの風～IRいしかわ～北陸本線のいわゆる日本海ルートを通って、東海道・山陽本線で九州方面に行きます。

運転時刻は、札幌貨物ターミナルを21時49分に発車して、福岡貨物ターミナルに3日目の午前10時47分に到着。所要時間は36時間58分です。
逆に、福岡貨物ターミナル発は未明の午前1時55分で、札幌貨物ターミナルには翌日の20時43分に到着します。こちらの所要時間は42時間48分です。

かつて、旅客列車での日本最長距離列車は「トワイライトエクスプレス」だったと聞いています。

旅客列車だと、東京～博多間の「のぞみ」かと思いますが。