僕は京葉線沿線に住んでいて、りんかい線の新木場乗り換えに大変不便を感じていたので大賛成なんですが、
りんかい線にかかった莫大な建設費をどうするのか、三方直通運転によって煩雑かつ過密になりがちなダイヤをどう整理するのか、終日収まらない新宿駅の大混雑など、問題は
山積みだと思います。

確かにりんかい線がJR化されれば、蘇我方面から新宿方面へ行くのに乗り換えがなくて便利になりそうです。
列車については、現在の埼京線～りんかい線の列車を海浜幕張か蘇我まで延長運転すればいいのかと思います。ただ、東京メトロ有楽町線で新木場駅に着いた人が蘇我方面に乗り換えるとき、京葉線のホームに行けばいいのか、りんかい線のホームに行けばいいのか迷いそうです。

特急列車については、通勤時間帯は新宿発着の列車と東京発着の列車をそれぞれ単独で運転。日中時間帯は東京発着と新宿発着の列車を運転し、蘇我駅で分割・併合して運転すればよいかと思います。

確かに、池袋や新宿から乗り換えなしで舞浜に行けるのは楽になりそうですね（時間はかかりそうですが）。
特急は、通勤時間帯のみの運転でいいのかと思います。

運営元の「東京臨海高速鉄道」の主要株主が東京都(90％保有)であり、JRは僅か2%なのも起因して、JR化交渉が難航しているのではと感じます。また台場観光やビックサイトアクセス、沿線企業への通勤需要は東京都にも貴重な収入源でしょうし、りんかい線上で快速運転を行っての所要時間短縮策が講じられるのは難しいのではと思います。

飛行機からのアクセス性よりも、まだまだ新幹線との接続が第一に考えられている感もありますね。

埼京線や京葉線の列車がどこまで乗り入れるかが問題になると思います、路線の容量からするとあまり増やせないと考えます。また快速を乗り入れしてもりんかい線内が各駅停車となっているのがネックに。
それから運賃の事もどうするのか考えなければならないと思います。西船橋ー新宿や西船橋ー武蔵浦和は経路によって運賃が変わると思うのでその点をどうするのか。