東海道新幹線に乗車するとき。新横浜から品川・東京までの東海道線の磁気定期を持っていれば特急券の購入のみで乗車できますが、ＩＣ定期券では普通運賃も支払わなければなりません。
この区間を利用している方で、まれに急用等で急ぐまたは楽をして通勤したい方には有効かと

定期入れからの出し入れは手間かと思いますが、磁気定期券の方が薄いので、コンビニの○○カードとかも、すんなり入れることができたりします。

https://www.nitijoutie.com/entry/2017/04/11/Suica定期券と磁気定期券どちらを選べばいいの？メ　　　　　を参考にされたらいいと思います。

ひまわりさいたさんが示唆なさっていますが、つまり新幹線に乗る場合ですね。
磁気券(在来線用)だと、定期券用新幹線回数券みたいなものが利用できるケースがあります。(東北新幹線とか)
で、何故かIＣはダメなんですね。
タッチでＧＯ！新幹線みたいなことをやっておきながら。

JRのやることは、時としてこういう不可思議なことが少なくありません・・・(￣▽￣;)

会社をたくさんまたいでいるなど、
ICで1枚にまとめられないくらい区間ならやむを得ず磁気券併用になるのではないでしょうか。

マニアック用途かもしれませんが、JR西日本の磁気定期券は背景が京都風デザインになっています。JR西日本でJR全社の定期券が作れるので、例えば「新宿〜東京」の定期もJR西日本やJR北海道で作れます。（実はこれ、かなり昔からやってみたいことの一つです）

あとは回数券と定期券２枚重ねて乗車はメリットかと思います。片方の手が不自由な方など少数でもニーズはあるかと思います。