なんとなく、「肥前グラバー鉄道」がいいなぁ～と思います。

令和シーボルト鉄道！？
いかにも三セクチックじゃありませんか(笑)

営利企業の名前として令和はちょっと。公企業ならいいんですが。

同じ読みで零和＝ゼロサムに繋がって儲からなさそう。

「長崎くんち鉄道」というのはいかがでしょうか？

北陸本線もいずれ北陸新幹線が敦賀延伸すると、第三セクター化するのかなと思います。
令和さば鉄道…流石にないですね（笑）でも令和の入った鉄道会社になったらいいなと思いました。

新元号と同じ名称をつけて世間に注目してもらいたいとは思うのですが、どうなるでしょうか？
愛称で「長崎令和ライン」なんてつけたら面白いのかもしれません。

過去の３セク転換の例に倣えば、無さそう。
地域・沿線の特徴・イメージを表す方向になると予想。
長崎県ならば、海や海外の文化の入り口だった点など。

逆に先例が無く、この時期だからこそ敢えて付けると言うのならあり得るかも。
ただ、改元から何年後の事になるやら。下手をすると次の改元の話題・・・これ以上は不敬。