小田急1000形の非更新車、東急9000系、相鉄8000系はGTO-VVVF制御だったはずです。
1000形は順次Sic素子に更新されていますが、東急9000系はまだ殆どが現役ですね。

都営浅草線の5300形や初期の都営三田線6300形電車もGTOのVVVFインバータ車ですね。
都営浅草線では5500形が導入されたことで5300形の廃車がはじまっていますので、残っている正確な両数はわかりません。

常磐線各駅停車で活躍した209系1000番台はGTOですね。今年3月のダイヤ改正から中央快速線で使用されるようになりましたが、機器は更新されていませんので、GTOサウンドを聞くことができます。ちなみに10両編成2本です。

東武鉄道の9050系、確かGTOでした。

京成の3700形電車もGTOのVVVF制御車です。オリジナルの北総鉄道7300形電車や京成からリースしている7300形、同じく京成からリースしている千葉ニュータウン鉄道9800形電車もそうですね。

西武鉄道の6000系電車もそうですね。ただし、ほとんどの編成が機器更新を行っていますので、ゆくゆくはGTO素子を使ったVVVF制御の6000系は見られなくなってしまうことでしょう。

※ちなみに、自分が使っている「GTO」の名前は、素子の名前からとったのではありません…

以前に京王電鉄の8000系に乗ったときはGTOのVVVFだったような気がしますが、今でもそうなんでしょうかね。

中央線で走る209系は三菱GTOのままです。

東武100系「スペーシア」もGTOを使ったVVVF車です。今年の6月1日で営業運転開始29年を迎えるんですね～。