座席指定制にすると、利用者がいない（満席にならない）区間が出る可能性がありますので、効率を考えると現状の発券方法がいいのかと思います（車内の係員は大変でしょうけど）。

ただ利用者にとっては、誰が先に降りるのか（空席がでるのか）を知りたいですので、降車駅が近づくと席の上のランプが点滅するとか、車内で「次の駅では○人下車」といった表示がされればいいのですが…。

あとは、500円（均一料金）のAシート料金を700円ぐらいに料金を上げるか、距離制の料金にすれば、多少は混雑は減るかと思います（売上が減ってしまいますけど）。

導入して間もない状況ですから、初乗りを体験したい人で混雑しているだけなのかと思います。
落ち着けば、ある程度の混雑は解消するのではないでしょうか？

新大阪駅や大阪駅までの利用が多そうですね。それであれば「Aシート」車両の立ち席エリアで空席待ちをするよりかは、一般車両で立っている方がまだいいのかもしれません。

JR東日本の普通列車のグリーン車みたいに、事前に「Aシート」の乗車整理券が購入できればいいのですが（満席で利用できない場合は証明を受けて払い戻し可にする）。