北海道へ向かうのでしたら、商船三井フェリーの大洗～苫小牧でしょうか。
四国・九州方面でしたら、オーシャン東九フェリーの東京～徳島～北九州（新門司）という航路があります。東京から北九州まで約34時間ですから、長い時間フェリーに乗ることができます。

大阪～志布志航路のフェリーさんふらわあもオススメです。
新しい船は個室が多いので、プライベートが保たれます。レストランはバイキング形式で、海を見ながら食事をすることもできます。一人だと、ちょっと寂しいかもしれませんが。