自分も自由席に乗るのだったら座席数が多い2号車にします。でも一人で乗るときは、できるだけ指定席にするようにしています。
荷物がある場合、トイレに行くと荷物が盗まれないか心配ですし、荷物を持ってトイレに行くと席が取られたりしてしまうので。指定席なら荷物を持ってトイレに行っても安心できます。

座りやすさでいえば、2号車がおすすめです。座席数が1号車は65、2号車は100、3号車は85と、最も多いからです。
また座席の前後間隔が、1号車と16号車は1023mmと、ほかの普通車の1040mmより若干狭くなっており、この意味からも1号車以外をおすすめします。
2号車にトイレはありませんが、1号車寄りの席を選ぶと、1号車のトイレまで近いです。

トイレに近い場所が安心なので、自由席でしたら1号車の東京寄りか、3号車の東京寄りにの席にします。

自分だったら3号車にします。それも博多寄り。喫煙ルームが近いので。