経路的に見れば都営とメトロの地下鉄が一括で利用できる一日乗車券が便利ですね。
そうすれば副都心線で都庁方面に行かれるし都営大江戸線で東京タワー、浅草線でスカイツリーや浅草、銀座線で上野公園に行かれるからです。
900円も取られるが、これだけの経路に築地を加えれば元は楽に取れると思います。
因みに横浜市営地下鉄は地下鉄とバスの一日乗車券で830円、名古屋市営地下鉄は地下鉄とバスで一日乗車券で800円、京都市営地下鉄は地下鉄とバスの一日乗車券が最近、900円に値下げされたそうです。
個人的に一日乗車券が高いと感じるのは東京、仙台、神戸の3つです。

JR + メトロ・都営の「東京フリーきっぷ」であれば、
乗り継ぎ・乗り換え時に、使用の可否を気にせずに済むので、
最も無難かな、と思います。

ただ、今回予定されているエリアに対して範囲が広すぎて勿体無いのと、
メトロ・都営の共通一日券だけでおおよそカバー出来そうですので、
JRの利用見込みが両者の差額以内なら、
後者 + JR都度払いでも良いのかと思います。

三社共通　1590円
地下鉄共通　900円
差額が 690円ですので、JR利用が概ね３回以内であれば地下鉄共通券で良いでしょう
（JRで新宿→錦糸町とか乗りそうなら三社共通の方が安全ですけどね）

今月までは「ようこそ令和」と印字されたJR都区内パスが発売されています。（私も今日買いました！別刷でメッセージも入っており、鉄道ファンなので嬉しかったです）

…が、値段だけで考えると東京メトロ24時間券がいいかと思います。
初めての東京めぐりだと、東京フリーきっぷの方が使い勝手はいいと思いますが、東京が長いせいかスカイツリーも浅草から歩いて徐々に迫り来るスカイツリーを目指すのもいいし、日比谷線の神谷町からのんびり東京タワーまでおさんぽもいいな〜と思います。乗り鉄重視か観光重視かでも買いたいきっぷが違ってきますね〜。

東京メトロのみですと、浅草から押上に行くのに、銀座線三越前乗り換え半蔵門線か、日比谷線人形町→半蔵門線水天宮前乗り換えとなり、いずれも遠回りとなってしまいます。
また、東京タワーに行かれるのであれば、日比谷線の神谷町から歩くしかありません。
ですので、自分でしたら東京メトロと都営地下鉄の共通一日乗車券を使うと思います。

値段は高めですが、JR、東京メトロ、都営が乗車できる「東京フリーきっぷ」であれば移動の自由度が増しますので、「東京フリーきっぷ」にすると思います。
時間に余裕があれば、葛西臨海公園で下車して水族園に行くこともできますので。

東京メトロの24時間券はいかがでしょうか。
600円でお手頃ですし、「ちかとく」特典が使える施設があるかもしれません。

都区内在住ではないので、正直どれがいいかわかりません。
ただ、飛行機を利用して羽田空港に着いたときは、京急の羽田空港国内線ターミナル駅から泉岳寺までの片道乗車券と、東京メトロ・都営地下鉄の共通一日乗車券がセットになった「京急羽田・ちか鉄共通パス」を利用しています。