他都市と比較すると割高なように見えますが、そもそもメトロと都営は別個の事業者ですから、それぞれ個別に一日券を用意するのに比べれば割安とも言えます。
また都営限定であれば、地下鉄・都バス・都電・日暮里舎人ライナーまで乗り放題で700円ならばかなりのお得感があります。
メトロにバスはありませんが、その路線網の大きさは他の地下鉄事業者とは次元が違うとさえ言えますが、こちらも一日600円。
以上から、他都市と比べて「価格も高い」が「コストパフォーマンスはそれ以上に高い」と思います。

一方、私鉄各線からはメトロ一日券のセットしか購入出来ない件は、確かにある意味不便かと思います。
まあ自分の場合、いきなり東京駅や品川に降り立って、そこから一日券を購入するパターンですので、あまり不便さは実感していないのですけどね(^_^;
しかし、都営地下鉄をメトロに譲渡する話も浮かんでは消えたりしていますので、その機を待っているのでは、なんて思ってしまいますね。