JR東の定期列車で交直車が必要なのは、常磐線（中電、特急）と「いなほ」だけです。ただE653系が新潟に行ったのは震災の影響があったからで、震災が無かったら「485系いなほ」はどうなっていたのか、新車の計画があったのでしょうか。
舞浜までE653系新潟車が来たり、勝田へ出戻ってきたK70編成で結構臨時列車をこなしているようですが。

「鉄道ファン」の団臨予定表を見ると、「やまどり」も「華」も毎週のように使われているようですね。6両編成のジョイフルトレインが無くなるのは寂しいです。
直流区域なら「E257系」が使えますが、東北や日本海側には、交直車かＨＢ車、ＧＶ車が必要で新車が難しいのは理解しています。

651系は下回りの耐雪対策がされていないので、インテリアの改造だけでは済まなく、冬の東北行きが難しいと思い、これまでも種車候補にあげてきませんでした。
伊豆クレイルはこの心配が無かったし、長距離や高速走行の必要もないので、採用されたのでしょう。

B.B.BASEの交直版でしたらE501改でもいけるかもしれませんね。長時間、耐寒、耐雪仕様からすればE501改じゃ無理でしょう。

秋田、新潟、仙台から舞浜へE653系を使った列車が設定されていますが、夜行で乗車時間が８時間から１０時間以上になるので、E653系普通車では正直きついと思います。
子牛力ビーフさんが書かれているように、車両的にはE653系を「やまどり」並に改造するのが良いとは思っています。

ただ改造しちゃうと新潟車に余裕が無くなっちゃうだろうし、国鉄時代と違い余剰車なんてあるわけ無いし、Cypherさんが書かれているように後継はないのかもしれませんね。

自分ももっとE655系を活用すればと思っています。
増備するとしても、現状ほどのグレードは難しいと思います。(乗車経験はありませんけど)