現在では、京都盆地や淀川流域に適当な土地が確保出来ないからでしょう。
関空・神戸空港は人工島上の海上空港ですが、京都府でなるべく近くに海上空港を作るとしても舞鶴辺りになりますので利便性で有利とは言い難いです。
（伊丹もあそこが市街化していたとして、今から空港作ろうとしても無理ではないでしょうか）

他にも航空法やら何やらで、飛行ルートの制限なども有りますし、
何より頭のすぐ上を飛行機が飛び回ることを、京都府民と言うか市民が快くは思わないでしょうね。