つくばエクスプレスは利用客が増えていますが、建設に要した多額の債務を抱えているそうです。
開業から10年が経過したことで、開業当時からの車両を更新したり、混雑対策として新車の増備や、ホームの延伸工事を行ったりしますので、なかなか運賃を下げることは難しいのかと思います。

京王相模原線のように、建設費の回収が見込まれれば運賃の値下げもあるかとは思います。