旭川と北見を結ぶ特別快速「きたみ」は、キハ54形ディーゼルカーをしています。車内はデッキ付近はロングシート、車両中央部は転換クロスシートですが、なかには簡易リクライニングシートに交換した車両もあります。
どちらの車両に当たるかはわかりませんが、乗車されてみるのもいいかと思います。ただ、混雑することもありますので、始発駅からの乗車をお勧めします。

たくさんありすぎてどれを挙げるのか困る所ですが、乗り得＝快適かつ距離の長い、と解釈するなら、『新潟からきらきらうえつ（秋田延長運転）→（五能線経由）青森までリゾートしらかみ5号』をお勧めしておきます。

日本海沿岸を走るため、天気が良ければ絶景が期待できます。 そして何より、その距離は500キロを越えます(笑)

問題は、きらきらうえつの秋田延長運転はあまりないのに加えて、廃止予告がなされているため、指定席がそう簡単には取れないという事なんですが（苦笑）

常磐線のいわき～富岡間には、651系電車を使用した1日2往復の普通列車が運転されています。

短い区間ですが、JR九州の特急「みどり」は、佐世保線の早岐～佐世保間で乗車券のみで普通車自由席に乗車できます。ですので、青春18きっぷ利用でも普通車自由席の利用が可能です。
この区間、普通列車は上下各8本しかありません…。

盛岡～釜石間を東北本線・釜石線経由で運転している快速「はまゆり」は、急行「陸中」が格下げになったもので、1号車・2号車が自由席、3号車が指定席となっていて、指定席はリクライニングシート車です（多客期には指定席の4号車を増結）。

自由席の2号車は、リクライニングシート車の場合もあれば、そうでない場合もあります。確実にリクライニングシートに座りたいのであれば、指定席券を購入して乗車されたほうがよいでしょう。

以前に別の質問で、東海道本線の熱海～沼津間と浜松～豊橋間で373系電車を使用した普通電車が運転されていると回答いたしましたが、2019年3月のダイヤ改正後でも変わっていないようです。

○熱海～沼津間
【下り】
1437M　熱海8時47分→沼津9時06分

【上り】
1428M　沼津7時47分→熱海8時06分

○浜松～豊橋間
【下り】
913M　浜松7時06分→豊橋7時43分
921M　浜松8時32分→豊橋9時08分
977M　浜松20時12分→豊橋20時46分

【上り】
914M　豊橋6時25分→浜松7時00分
920M　豊橋7時48分→浜松8時26分
988M　豊橋20時57分→浜松21時31分

ただし、急遽車両変更となる場合があるかもしれません。

485系やまどりの快速は、座席列2＋1列で、多目的室にミーティングルーム、展望室とほぼグリーン車並の設備なので、優雅な旅になります。

今年18きっぷ旅をしたい者です。
乗り得で有名なのは「ムーンライトながら（指定席券520円）」ですね。指定券入手はかなり困難ですが、入手できれば、一気に関東―大垣間をワープできます。
後は、朝夕になりますが、JR東海の「ホームライナー（乗車整理券300円）」も、静岡地域の横断に便利です。主に、沼津―浜松間ですが、中には浜松に着いたのち、豊橋まで普通運用に入るものもあるらしいです（動画でしか見た事ありませんが……）。沼津、熱海地域の観光の後に名古屋方面に行くには、十分使えると思います。