車内が空いていればOK
混雑していればNG

といった感じでしょうか。
ロングシートで食べるのはちょっと味気ないですけど。

ひとりで乗車しているときに、ロングシートやボックスシートでお弁当を広げるのはちょっと抵抗がありますね。
以前、始発駅で停車中、ほかに誰もいなかったので、ロングシートの車内で駅弁を食べたことがあります（出発前に食べ終わりました）。本当は走行中に食べたかったのですが、さすがに…。

ロングシートの車内でも、閑散としている列車であれば気にすることはないかと思います。
ただ、子牛力ビーフさんも回答されていますが、臭いのきついものは遠慮しなくてはいけませんね。

混雑具合と車内外の雰囲気次第でしょうかね。
自分もクロスシート（特に窓側）であればほとんど気になりませんね。快速「みえ」や、豊橋→名古屋の新快速で食べてました。

ボックスの場合は相席の人に一言断るのがエチケットかも知れませんね。
ロングシートでもガラガラであればあまり遠慮は要らない気もしますが、車窓が遠い（弁当に目を落とすと窓が視界から外れる）ため、旅情は今ひとつになっちゃいますねぇ・・・

車内での食事については、行為その物に嫌悪感を持つ人もいますが、匂いの問題の方が大きいような気もします。
駅弁もそこまで考えて選ばなければいけないとは、何とも世知辛いですねぇ。

ロングシートだったら考えますがクロスシートなら平気です。
転換クロスシートなら周りの視線もさほど気になりませんし。