ちょっと変化球で。

JR紀勢線・近鉄山田線の「松阪駅」を「まつさか駅」に。

おそらく「茨城」を「いばらぎ」と読まれるくらい（あるいはそれ以上に）「まつざか」と呼ばれているはずなので。
（自分も越して来るまで間違ってましたし）
市の名前を変えるよりもハードルが低いかな、と思いまして(^_^;)

東横線の都立大学駅と学芸大学駅。

つくばエクスプレスの浅草駅を西浅草駅かTX浅草駅に。
東武と東京メトロの浅草駅からは遠いです！

俺は東武の新越谷駅と武蔵野線の北朝霞駅、そして東急溝の口駅。
何も乗換駅として分かりにくく別駅として扱うのはまずいから。
慣れない人だと同一駅という認識がなく、乗り換えで迷うから。
個人的には
新越谷駅→南越谷駅。
北朝霞駅→朝霞台駅。
溝の口駅→武蔵溝ノ口駅。
に変えた方がわかりやすくて覚えやすいと思います。
乗換駅は基本的に同じ駅名にした方が文字も少なくてわかりやすいからです。
個人的には永山駅や多摩センター駅も小田急や京王を外した方が短くて分かりやすいかと思います。