以前、ICOCAで京都駅に中央口から入場し、用事を思い出し西口が近かったので出場しようとしたら「中央口から入場されているので西口で出ると入場料金が掛かりますが」と言われ中央口に戻って出場した記憶があります。その時、入場料は掛かりませんでした。

同様の理由で出ようと窓口の駅員に申告したら、名古屋市営地下鉄では「200円掛かりますけど出たければどうぞ」とつれない対応をされました。入場駅で出ても最低運賃の200円は差し引かれる設定になってます。

ＩＣカード定期券(定期券区間内)なら何も起こらず出場できます。当たり前ですね。

JRの場合、自動改札機では止められてしまうので、有人改札で所定の処理が必要らしいです。
その際、ICカードは入場記録が削除されるのだった気がしますが、別途入場料を支払うかどうかもケースバイケースだった様な気がします。
改札を通った直後に気が付いて引き返したか、ホームやエキナカまで行った後で気が付いたか、
改札のすぐ外に残してしまった荷物を取りたいだとか、自宅まで荷物を取りに戻りたいだとか、
場合によっては入場記録もそのままに、ちょっと外に出てすぐにまた入れてもらえる事も無いわけでは無い様です。まあ、係員の目の届く範囲ですね。