吉祥寺駅が個人的に迷いやすい。
対して利用者が多くないのにどこにどういう配線があるのか分かりにくい時があって非常に迷うから。
吉祥寺の配線を理解しないと地理や位置に鋭い人でも迷う危険性が高い。
有名どころは他にも大阪駅(梅田駅)。
私はどこに何があるのか分かりやすいが知らない人なら間違いなく迷う駅です。
梅田駅ほど、ダンジョン駅はそうそうありません。
後、横浜駅もダンジョン駅でこちらも知らない人は迷うのは必須だと思います。
因みにダンジョン駅じゃないが疲れる駅の代表は南越谷駅・新越谷駅。
新越谷は3階に改札があり、南越谷は1階に改札があるから良い運動になります。

横浜駅も慣れないと乗り換えのハードルが高いです。
東横線から相鉄線に乗り換える場合、北（渋谷）側の改札に出てしまうと、延々と通路を歩かされることになりますし、人が多くて余計に時間がかかってしまいます。

いつも錯覚してしまうのは新大阪駅です。
東京から東海道新幹線で到着すると、JR在来線のりかえ改札は東京側になるのですが、それを忘れて、ついつい大阪・三ノ宮方面は自分の左手側だと勘違いしてしまいます。
そのため新快速に乗り換える時に左側の階段を下りてしまい、進行方向前方車両に乗ろうとしたつもりが、後方車両になってしまうことが多々あります。

霞ヶ関駅の代々木上原寄りには引き上げ線がありますので、綾瀬から回送列車でやってきて、折り返し始発になるのかと思います。

都営三田線の新板橋と、JR埼京線の板橋。都営線の車内では「JR線乗り換え」をアナウンスするんですが、埼京線ではしていないという例です。400mくらい外を歩いての乗り換えです。
都営はほかにも、「乗り換え」と言いつつかなり歩かせる例があります（三田線の西巣鴨と都電荒川線の新庚申塚など）

JR新日本橋駅と銀座線三越前駅とか、都営三田線日比谷駅とメトロ有楽町駅とか。
と言うか、同一路線の隣駅ですら地下道の徒歩移動でもいくらも掛かりませんよね、あの辺て（笑）
（大手町駅同士の乗り換えの方が長かったり（汗））

りんかい線の国際展示場駅とゆりかもめの有明駅も乗換駅ですね。
でも、自分は1回も乗り換えたことがありません。

名鉄豊川線の豊川稲荷とJR飯田線の豊川は隣接してる、ただ改札を出ないといけないけど

西鉄福岡と七隈線の天神南でしょうか…。

武蔵野線の北朝霞駅と東武東上線の朝霞台駅も乗換駅ですね。
逆に、なぜ違う駅名にしたのかが疑問です。

小田急線の豪徳寺駅と東急世田谷線の山下駅もそうかと思います。
以前、何度か乗り換えで使ったことがあります。

都内だと都営大江戸線・三田線「春日」、東京メトロ南北線・丸ノ内線「後楽園」もそうかなと思います。特に小規模の大江戸線から南北線方面へ抜けるコンコースの開放感が個人的に大好きです。が小さいからかもしれません。

また横浜方面では横浜線・京浜東北線「東神奈川」と京急線「仲木戸駅」は橋渡っただけの至近です。定期券の接続駅もお隣でしかできないでしょうし、実際横浜線スタンプラリーでお邪魔した際にはだいぶ閑散としていました。東急東横線「東白楽」へも運休時等は歩けるかなと思いました。

大阪市内ですと
・天満（JR）と扇町（地下鉄）
・野田（JR）と玉川（地下鉄）
・野田（阪神）と海老江（JR）
・汐見橋（南海）と桜川（地下鉄・阪神）
・文の里と昭和町（地下鉄）
あたりが意外な乗換駅ですかね。

梅田と大阪

常磐線・武蔵野線の新松戸駅と流鉄流山線の幸谷駅も短い距離で乗り換えられますね。幸谷駅はマンションの1階にホームがあるので、なんか面白いロケーションです。

高山本線の那加駅と名鉄各務原線の新那加駅は、徒歩1分ぐらいで乗り換えすることができます。
でも、乗り換えする人っているのでしょうかね…。

JRは通勤・通学で一切使わない(東京メトロに直通する私鉄沿線に住む方)けれど、休日は家族や友達と定期券の範囲を超えてお出かけするといった人たちには、メトポ(東京メトロ)、Tokopo(都営地下鉄)、東急ポイント(旧のるレージ)等、私鉄各社の全てのポイントサービスを１枚のPASMOに集約できるメリットはあるのかなと思いました。
　
また地味ですがメトロ一日乗車券がPASMOに載せられます。夏場は水に強いのでバックで保管しても、ペットボトルの水分を吸収して磁気不良になることもないかなと思います。

逆に言うと、ほぼSuicaに会わせてあるので使い勝手がいいとも言えそうです。
両者はセミ・イコールの関係と言っても良いでしょう？

記名PASMOと無記名PASMOの場合、払い戻し時に手数料がかからないことでしょうか。
Suicaだと220円の手数料がかかります。

仙台市営バスだと、(長町四丁目長町営業所前)、(白鳥一丁目軽自動車検査協会前)、(扇町二丁目小鶴老人福祉センター入口)等がある。もはや仙台市営バス迷物の長いバス停名がたくさん(笑)

ちょっと脱線しますが、都営大江戸線に
「西新宿五丁目（清水橋）」という副駅名付きのがあります。

西鉄バスで、九州医療センターと地下鉄七隈線賀茂駅を結ぶ2-9の路線では、「賀茂二丁目」と「賀茂二丁目第二」というバス停があります。「賀茂二丁目第二」は、賀茂駅方面のバスのみが利用できるバス停です。

都バスの梅70系統には「小川町一丁目アパート前」バス停があります。東京都小平市に位置します。

東京都江戸川区には「臨海町二丁目団地前」というバス停があります。

関東バスですと、武蔵野市内に「関前三丁目南」があります。ただ、「関前三丁目」もあるほか、練馬区内には「関町三丁目」や「関町北三丁目」のバス停もあったりするので、初めて利用する人にとっては、ちょっとハードルが高いかと思います。

名鉄三河線の刈谷市は、JRの刈谷駅が田園地帯にできた為、当時の三河鉄道が城下町側に駅を作くり刈谷町で開業、その後刈谷町が刈谷市になった為刈谷市に改名

京阪の枚方市駅も隣の枚方公園駅の影響を受けるなど、龍ケ崎市駅と似た経緯のようです（wikipedia調べ）。実際下車した際も一通りの都市銀行が駅前に集結していたり、再開発でT-SITEが出来てからなのか老若男女で賑わいがあり、街の中心を担っている感じがしました。

西武鉄道では

豊岡町駅→入間市駅
入間川駅→狭山市駅
青梅橋駅→東大和市駅

と「○○市駅」に駅名を変更した例があります。でも、さすがに保谷市と田無市の合併で西東京市が誕生した時は、保谷、田無とも駅名は変更しませんでしたね。

副都心線の池袋駅から西武池袋線の池袋駅に行くのも結構歩きます。

分かりやすいのは、一番渋谷側のエスカレータを上がって丸ノ内線ホームを歩き、中ほどの階段を上がって丸ノ内線の改札を出ていく方法です。
小竹向原まで行って西武有楽町線に乗る手もありますが、時間帯によっては西武有楽町線の本数が少なく、池袋で乗り換えたほうが目的地に早く着ける場合があります。

大阪臨港線は、2006（平成18）年4月に境川信号場～浪速駅間が廃止となり、翌2007（平成19）年5月に境川信号場が廃止となっています。
現在でも、境川信号場～浪速駅間の三十間堀川に架かる鉄橋は残されているようです。

https://goo.gl/maps/kQKP2RUsms52