・中央線、韮崎から小淵沢方面へ上がっていくところの北側車窓
・関西線（非電化区間）、川沿いを走る大河原、笠置付近
が個人的にオススメです。

あとすごく身近なところで、山手線の恵比寿から五反田にかけて、車窓が地中（掘割）になったり開けたりというアップダウンもお気に入りです。これは埼京線からのほうがより感じられるかもしれません。

羽越本線の日本海沿いを走る光景が好きです。
左に佐渡、粟島、飛島を。右には鳥海山や田んぼ…。
海も山も２度美味しい景色だなぁ〜と思います。

今はえちごトキメキ鉄道でしたっけ？
旧北陸本線の糸魚川～親不知あたりが好きでした。

鶴見線の鶴見～国道間でしょうか。
東海道本線や横須賀線、京浜東北線、京浜急行の線路を跨ぎますので、どんな列車と遭遇するかが楽しみです。

眺めの良い、とは少し違うかも知れませんが、次のGTOさんの質問への回答で書いた湘南新宿ラインと上野東京ラインの車窓から見えるいくつかのプロジェクトの進捗具合を興味深く眺めています。
1~2ヶ月に一度くらいの頻度で出向く機会があるので、変化の具合を楽しみにしています。

宇都宮方面からならば大宮駅到着時、東海道線からならば横浜到着時でしょうか。東海道線方面は結構微妙で、戸塚の時点では「まだかかるな」なんですが、横浜についたら「もうちょっと」と感じます。細かく見ると保土ヶ谷を通過したあたりかもしれません。

若干気が早いかもしれないのですが、大宮駅に到着すると「そろそろ東京だな」と感じます。

東京在住ではありませんが、実家が青森で愛知在住で東京に来たんだなと思うのは、東北新幹線と埼京線が並走しはじめた時と東海道新幹線がやたらとカーブしはじめた時に東京に来たなと感じます

羽田空港からリムジンバスに乗って、東京タワーが見えたあたりで、東京に戻ってきたなーと思います。

熱海駅ですね。
18きっぷで上京していると、JRの接近放送のATOSのチャイム、そして発車メロディが耳に入ってくるのがここです。あれを聴くと強烈な「東京感」がありますね！

駅名は「高輪ゲートウェイ」でも、利用者は「高輪集合で」、みたいに略してしまうのかと思います。

私も正直高輪が良かったです。
なんとなく流行りの傾向でひらがなやカタカナを入れてくるのでは？と思いましたが、まさかゲートウェイ…安いPCメーカーの名前じゃないか〜と思ってしまいました（汗）

横文字はちょっとなーと思いました。

ゲートウェイとは何者ぞ？ 感を持つ人が多いので違和感を感じる、のではないかと思います。
駅よりも先行して「高輪ゲートウェイ」なりゲートウェイシティでも開業していれば、と言うところですね。
イメージしやすい「さいたま新都心」駅とか、施設のある「Jヴィレッジ」駅とかならあまり違和感も感じないですが。

それでも自分も高輪駅推しです。

内蔵助駅とかダメだったんてすかねえ・・・(笑)

正直なところ、違和感はかなりありますが、駅名標のひらがな表示（たかなわげーとうぇい）には、妙な可愛さがあるなぁと思います。決まるまでの間に、どのような会議が行われ、どのような意見が取り交わされていたのか、気になって仕方がありません。路線図に収まりきるのか、若干心配ではありますが、経過を見守りたいです。

天王洲アイル駅などのように、最初は聞きなれい駅名で「？」なのかと思いますが、そのうち慣れてしまうのかと思います。

車内販売の商品の価格がやや高いというイメージがありますので、利用回数割引だったり、何かが当たるキャンペーンを実施すればいいと思うのですが。あとはポイントがたまるとか…。

別の質問でも回答しましたが、東京総合車両センターにどんな車両が入場しているかを確認するのがクセになっているので、乗るのでしたら湘南新宿ラインです。

上野東京ラインを利用します。
尾久車両センターや田端運転所に留置されている車両を見たり、秋葉原～東京間の高架部を通るのも楽しみだからです。

時間の制約がない(所要時間差を気にしなくても良い)のなら、今なら湘南新宿ラインにします。
渋谷・原宿・新宿駅などの工事の進捗や赤羽線区間の景色など興味を引く車窓が多いです。
上野東京ラインも品川新駅、新橋駅改良、新幹線など見所は多いですが、最近見たばかりですので「今なら」という条件を付けました。

自分は進行方向右側です。
右側は3人掛ですので、空いていれば真ん中の席には人が来ません。

自分だったら進行方向左側です。
子牛力ビーフさんも回答されていますが、午前中の列車に乗る場合は日差しが入ってきません。景色も順光で見ることができます。
また、自分だけかもしれませんが、右側の席ですと、眠っているときに対向列車とすれ違うと、音と揺れで起こされてしまうことがあります。

考えられるのは陸羽西線からの列車なのかもしれません。陸羽西線は非電化ですから気動車が走っていてもおかしくはありません。次に考えられるのが、間合い運用。陸羽西線の折り返しで時間が空くため留置するよりは間合い運用で。という考えなのかもしれません。そして、費用対効果の点で気動車を使ってるのかもしれません、気動車であれば最短1両での運行が可能ですから、乗客数が少なければ気動車1両でも充分なのかもしれません。北海道の室蘭本線、室蘭ー苫小牧や函館本線、滝川ー旭川も電化区間ですが乗客数が少ないので普通列車を気動車で走らせてますね

村上〜間島 間に交直流切替えのデッドセクションがあり、酒田以南を管轄する新潟支社が交直流対応の普通電車を現在保有していないためです。
交直流電車はそれ自体が高コストであり、交流区間・直流区間で別々に車両を保有しても保有数が増えて経費増になります。
特急電車はより快適性が求められるために多少のコストアップも許容されると考えられますので、交直流両用車両が導入されているものと思われます。（転属車両(ぶっちゃけ中古)導入でもコストを抑えているようです）
ちなみに酒田以北は秋田支社の管轄ですが、全て交流区間であるため問題なく電車にて運行出来ます。
デッドセクションで管轄を分割すれば電車での運用に変わるかも知れません。

正式に廃止が決まった訳ではないが、名鉄蒲郡線も廃止の噂が絶えない。沿線2市の補助金でなんとか持ってる感じだが補助金が削減されたら廃止は確実

廃止は決まっていませんが、神戸電鉄粟生線は、廃止は時間の問題だと思います。みるみる減便されています。
今のうちに乗っておいたほうがいいかもしれませんね。

名鉄も逝っとけダイヤをよくやってるな。先日も本来であれば新可児行きの準急が岩倉行きに変わってたり、一部特別車の快速特急新鵜沼行きが全車一般車で運行したりと逝っとけダイヤや逝っとけ運用満載だった。しかも駅の電光掲示板は変更されてないカオスっぷり

山梨方面のホリデー快速は、狙ってなくても何度か乘れて非常に助かったことがあります。
甲府から宇都宮まで帰ろうとしたとき、大月で乗り換え列車を待っていたら、なんと富士急から直通の小山行きというのが来たことがあります。立川停車後は武蔵野線を経由で、非常に興奮しました。
が、小山の1つ手前の間々田で落雷により2時間以上足止めを食らった…それもいい思い出です。

現在運転されている臨時列車でなくて申し訳ないのですが、思い入れがあるのは14系座席車で運転された臨時特急「つばさ51号」ですね。
親の実家が山形のほうなので、子どもの頃、親の帰省で乗るのは決まって「つばさ51号」でした。楽しみは、福島～米沢間の板谷峠越えでした。都会では見られない山々や渓谷が新鮮でした。

当時は、定期特急の「つばさ」や「やまばと」の指定席券を入手するのが難しかったんだそうで、当然帰りも14系座席車の特急「つばさ52号」でした。