「大宮方面」なので、大宮でしょうか？
川越だとりんかい線方面との通勤快速がありますので、大宮以遠に行くことは難しいかもしれません。

JRですと朝ラッシュ時の特急「おうめ」が魅力的ですが、そんなに毎日特急に乗るのは経済的にも厳しいです。
そうなると通勤特快か快速になってしまうのですが、朝ラッシュ時の東京直通列車は混雑が激しそうです。

拝島から新宿に通勤ということであれば、西武拝島線にすると思います。
西武拝島線の拝島駅は全列車始発ですので座れる可能性があります。帰りも「拝島ライナー」を利用すれば快適です。たとえ「拝島ライナー」が満席でも、小平まで先行すれば小平から乗車券のみで「拝島ライナー」に乗車することができます。

津軽線の蟹田～三厩間も1日5往復しかありませんね。
下り三厩行きの列車の場合、蟹田発朝7時07分の次は11時44分と4時間半以上空きます。そのあとは約2時間半後の14時11分。列車で三厩に行くのはなかなか厳しいです。

JR山田線。全区間途中駅は無人です。特に少ないのは上米内 - 川内間で、代表して松草駅(最新版)。快速通過なので、宮古方面始発は18:46、次発は2時間後で最終。盛岡方面は始発6:25、次発は17:31。11時間以上間が空きます。盛岡駅の始発07:29は上米内折り返しなので、宮古駅通しで乗る場合は11:05まで無いので気軽に乗りに行けません。ちなみに、宮古始発は05:00盛岡行です。盛岡・宮古起点で区間列車がいくつかあります。詳細は時刻表確認を。ちなみに平行する盛岡 - 宮古路線バス｢106急行｣はアホほど走ってます。最近、太川蛭子コンビがロケで乗ったらしいが...放送済みか?!?

函館本線の大沼〜鹿部〜森間と森〜長万部間と長万部〜小樽間
も昼間は普通列車はほとんどありません。
函館駅の時刻表を見ると鹿部経由が5:49•14:20•17:00と朝5時台の次が14時台となり、14:20発以外は森行き。長万部行きも8:18の次が14:20となってる。長万部発の列車も8時台、13時台、16時台
となってる。森から鹿部経由は8時台の次が15時台と言う有様。
長万部から小樽行きは6時台の次が16時台、小樽から長万部行きとなると16時台まで無いという悲惨な状態

磐越東線のいわき〜小野新町間も、
全日ではともかく、朝の出勤・通学時間帯を過ぎると、お昼すぎまで5〜6時間空いてますね。
常磐線から郡山方面には高速バスが主流になる訳だ・・・

代表的なのは、芸備線の新見～備後落合や木次線の備後落合～出雲横田などでしょうか。途中駅どまりの列車を除くと一日3往復しかありません。
そのほかにも、日豊線の佐伯～延岡や石北線上川～遠軽、伯備線新見～生山など、特急列車の本数はけっこうあるものの鈍行となると本数が日に数本という区間もあります。

西武新宿線沿線には住んだことはありませんので混雑状況はわかりませんが、自分だったら上石神井駅利用者になるのがいいかなぁと思います。
始発の各駅停車が平日朝7時台に2本、8時台に3本ありますので、着席機会もあるかと思います。

通勤とは別ですが、上りの上石神井始発2番電車でも、高田馬場乗り換えで品川始発の「のぞみ99号」にも乗ることができますし、羽田空港にも6時台の前半に着くことができるので、早朝利用にも便利です。

あと、西武新宿線の下り最終が上石神井止まりだということもですね。

平日8時前後に田無を出発する電車の状況ですと、田無を出発した時点の各駅停車は座席はおおよそ埋まってますが、西武柳沢で某高校の生徒が降りるので西武柳沢では着席機会はあるかもしれません。

西武柳沢～武蔵関の利用者で高田馬場へ向かう人は朝だと準急を利用する人が多いので、各駅停車に乗りっぱなしの人は多くない印象です。

以前西武新宿線をつかっていました。
西武新宿線は池袋線ほど急行と各駅停車の時間差がありません。（所沢～西武新宿間で急行36分、各駅停車46分）と、いうわけでわざわざ乗り換える人はそこまでいるわけではなく、各駅停車もそんなに空きません。

始発かよくて次の駅でいっぱいになり、運が良ければ乗り換える人の席にありつける、くらいです。
スカスカとはあまりにもほど遠いと思いますよ。

ロングシートの車内でも、閑散としている列車であれば気にすることはないかと思います。
ただ、子牛力ビーフさんも回答されていますが、臭いのきついものは遠慮しなくてはいけませんね。

混雑具合と車内外の雰囲気次第でしょうかね。
自分もクロスシート（特に窓側）であればほとんど気になりませんね。快速「みえ」や、豊橋→名古屋の新快速で食べてました。

ボックスの場合は相席の人に一言断るのがエチケットかも知れませんね。
ロングシートでもガラガラであればあまり遠慮は要らない気もしますが、車窓が遠い（弁当に目を落とすと窓が視界から外れる）ため、旅情は今ひとつになっちゃいますねぇ・・・

車内での食事については、行為その物に嫌悪感を持つ人もいますが、匂いの問題の方が大きいような気もします。
駅弁もそこまで考えて選ばなければいけないとは、何とも世知辛いですねぇ。

ロングシートだったら考えますがクロスシートなら平気です。
転換クロスシートなら周りの視線もさほど気になりませんし。

残念ながら乗船したことはありませんが、乗船してみたいのは「いしかり」か「きそ」で、利用してみたいのは「ロイヤルスイートルーム」か「スイートルーム」「セミスイートルーム」です。この3つの部屋ですと、乗船時にレストラン食事券が渡され、レストランでの食事のときは、優先的に案内されます。ちょっと目立って恥ずかしいかもしれませんが。

2019年1月に就航した新しい「きたかみ」にも乗ってみたいですね。

5時45分に大垣到着後、5時53分発となる米原行きの列車の座席を求めて多くの人が一斉に移動します（通称：大垣ダッシュ）。大阪まで行くのに急がなければ、その次の6時20分発の米原行きにしたほうが無難でしょう。どちらにしても、米原でまた乗り換えになりますので。

質問の文面からは「ムーンライトながらの指定券」はまだ購入されていないように読みました。
購入されていれば、以下の事柄は無意味ですので無視して下さい。

「ＪＲサイバーステーション」や「えきねっと」で「ムーンライトながら」の予約状況を見ると、今日現在の発売されている8月1日から16日までは、すべて満席状態のようです。
もし指定券を確保されていないのであれば、そちらをどうするかの方が心配です。
世の中にはいろいろな人が、いろいろな手段でチケットを売っているようですが「トラブル」にならないよう気をつけて下さい。
ＪＲの窓口ですと、明日17日の朝10時が8月17日分の勝負になりますね。

使用している車両が結構老朽化して来ているので、味わいはあると思いますが、快眠は期待しない方が宜しいかと。
ただ鉄道ならではの振動は人を眠りに誘いますので、全く眠れないという事もないと思いますが、そこは人それぞれですし、初ムーンライトに興奮して眠れない事もあり得ます。（経験者は語る）

夜行バスと違って、車内の照明は消灯しないので（減光はするかも知れませんが）、アイマスクはあった方が良いでしょう。
耳栓も有るなら有るに越したことはないですね。
季節柄それほど寒い事も無いと思いますが、人によっては薄手の毛布やタオルケットなどの掛ける物も用意した方が良いかも知れません。他の荷物と相談の上で。

湯田中駅には、隣接して温泉施設『楓の湯』がありますが、無料ではありません。
ただ、長野電鉄では『楓の湯』の入浴料と往復乗車券がセットになった、日帰り「楓の湯」クーポンを発売していますので、これを利用すればいいと思います。

相生〜岡山ですかね〜
新山口〜小倉も大概ですが…

田沢湖線の赤渕～田沢湖間ですね。
盛岡から普通列車で田沢湖に行こうとすると、盛岡駅午前5時20分発の次は14時22分発までありません。

室蘭本線の長万部～東室蘭間
普通列車の本数は少ないですし、函館方面からの普通列車の接続もよくありません…

佐伯延岡間ですね。本数ないし..。

時間帯や、その後の予定にもよりますが、
東海道線の下り、三島→掛川（浜松）を こだま でちょくちょくパスしてます。
タイミングが合えば掛川始発に乗れます・・・が、大抵豊橋でほぼ満員で待ってる新快速に乗り継ぐハメになりますが(^_^;

県境は 難所が多かったですが
佐伯～延岡は 特急使いたい。

使いたかったわけではないけど使ったのは
旭川～稚内
旭川～網走

新幹線新大阪乗り換えであれば、これまでどおり特急「はるか」にしますね。新幹線乗り継ぎで特急料金が半額になりますし。

神奈川方面からですと、京急久里浜～羽田空港国内線ターミナル間で、途中上大岡、金沢文庫、横浜停車の有料着席列車があってもいいですね（横須賀中央、金沢八景利用者の人は申し訳ありません）。

車両は京急2100形限定で。一部座席は座面を跳ね上げる機能があったはずですので、その区画を大型荷物置場にすればいいかと思います。

列車名は「エアポートYOKOHAMA」（京急久里浜発着ですけど）。追いかけて…。

答えが違うぞ！とツッコミ入れられそうですが押上で東武特急が京成•都営•京急に乗り入れたら面白いかも。車両はリバティでリバティスカイけごん•リバティスカイ会津•リバティスカイりょうもう•リバティスカイきぬ　かな？
まあ実現は無いと思いますが(笑)

最低限、「連絡先」に指定されている駅でその踏切の名前が分からないと無意味ですね。

東京－博多間を乗り通すと約５時間。軽食堂・喫茶店が欲しいです。
食堂車が無くなってからずいぶん経ちます。さらに車販まで無くなりつつある時代に逆行するかもしれませんが、長距離旅行の楽しみの一つは、移動中の食事ではないでしょうか。
せめて東京－博多直通だけでも復活して欲しいです。