自分の利用形態だと、圧倒的にグリーン車です。
現在松阪在住で熱海（沼津）まで（から）利用しますので、通しで使えるグリーン車の方が絶対的に有利です。
常磐線内に限っても、実家が日立のためよほど急ぐのでなければグリーン車で充分。特急通過待ちの間にホームに降りて飲み物を買うことも出来ますし。

通勤等ではなく帰省や行楽で乗車する事がほとんどですので、
必然的に乗車距離が長くなるため、やむを得ない場合以外は極力普通席を避けるようにしています。

ご質問の例のような、牛久〜東京(上野・品川)の利用であれば、
乗車駅か降車駅を調整して770(570)円の区間でグリーン車を利用します。乗車駅だと乗り直しが必要になるので、大抵は降車（席移動）駅の調整ですね。日暮里まで座れれば、そこから立っても乗り換えても充分ですからね。

常磐線はローカル線ではありませんね。
常磐線でローカル線ぽい区間を上げるとしたら、原ノ町〜岩沼かなと思います、やはり県境を跨ぐ区間であり、運行形態も変わり、いわき都市圏と仙台都市圏の間であるのが理由と考えられます。
岩沼周辺は仙台都市圏への流れが考えられ、いわき方面への流れは細いと考えます。

新幹線の特急料金は、一部例外を除き、2つ以上の新幹線の列車を途中で乗り継いでも、新幹線の全乗車区間を通しで計算します。

JR東海: 特急券(新幹線の特急料金)
https://railway.jr-central.co.jp/ticket-rule/rule31.html
JR西日本: 新幹線の特急料金(JRおでかけネット)
https://www.jr-odekake.net/railroad/ticket/guide/express_tickets/limited_express04.html
JR九州: 特急料金など
https://www.jrkyushu.co.jp/railway/ticket/rule/03/
JR東日本: 特急券
https://www.jreast.co.jp/kippu/1203.html
JR北海道: 特急券・急行券
※PDFです。
https://www.jrhokkaido.co.jp/network/guide/pdf/rule_13.pdf

自由席特急券をお持ちであれば、
自由席のある（全席指定ではない）列車のどれでも乗車可能です。

ただし注意点があります。
東京〜博多の自由席特急券を通しで1枚だけお持ちの場合、利用できるのは事実上「のぞみ」だけとなります。（それも東京〜博多ののぞみに限る。ひかり・こだまには同区間の設定なし）
と言うのは、特急券は乗車する列車ごとに必要になりますので、東京〜新大阪 ＋ 新大阪〜博多のように分けて乗車する場合はそれぞれ別の特急券が必要になるからです。
反対に複数の特急券で1本の列車に乗ることは可能ですので、上手く使うと特急料金を安く抑えられます。
詳しくは冊子の時刻表巻末に載っている新幹線の特急料金表をご覧下さい（5〜600円のコンパクトサイズでも載っていますし、主要駅の窓口付近にも閲覧できるように置いてあります）

両線ともローカル線じゃないです。JRの料金区分では幹線となっています。
中津川〜塩尻、塩尻〜辰野、上越線の新潟側は運行本数が少なかったり、ワンマン運転をしてますがローカル線ではありません。

中央本線をローカル線と呼ぶなんてトンデモナイ。
まあ、中央西線の中津川〜塩尻の区間ならローカル色が豊かになりますが、それでも日中は普通・特急合わせて２往復ありますので。

上越線もローカル線と呼ぶなんてトンデモナイ。
流石に清水トンネル前後は運転本数も乗客数も少くなりますが、県境な上に運転系統も分かれていますので仕方ないですね。
それでも、全線複線電化の上越線は貨物輸送の大動脈となつていますのでローカル線だなんてとてもとても。

強いて言うと、中央本線の辰野支線のそのまた西半分、塩尻〜辰野間は、
２両編成が1日数往復で貨物列車も通りませんので、ローカル線と言って差し支えないでしょう。

松阪に越して来て以来、普段鉄道を使う機会がほとんど無いので、
名古屋に出かける際に、快速「みえ」乗車前に駅構内の「あら竹」でモー太郎弁当を買った事がありますが、
それ以外だと、イオンの催事などで「ますの寿司」とか「鯖の棒寿司」とかですかね。

あの辺は1970年代から80年代前半までを関東で過ごした事のある人だったらピンとくるのが一つ。
『磯村建設分譲地跡』

周辺に「三ヶ山」という地名がありますので、「三ヶ山駅」になるのかもしれません。

14系客車で運行されたシュプール号ですかね〜。いい響きに感じます。
個人的には末期のひばりも大好きです。

列車名のはじまりとなった「富士」ですね。
戦前に誕生した歴史ある列車だっただけに、廃止されてしまったのは惜しいです。

特急「スーパーあずさ」がカッコよかったのですが、「あずさ」に統一されてしまい残念です…。

快速「スーパードラゴン」
残っていたらネタになったこと間違いなしかと(笑)

一度くらいE5+E6のなすの号で「タッチでGO新幹線」を体験してみたいかなと思いますが、やはり普通列車グリーンが一番お得だと思います。

３月に、実際に上野東京ラインのグリーン車で行って来ました。
熱海から座って・・・と言うより亀山から18きっぷで。

当然東京を抜けた頃には午後になってましたが、下り列車は十分空いてましたよ。
ちなみに日曜日です（土日→日月の振替休日でした）

時間に余裕がある場合は、在来線（上野東京ライン、湘南新宿ライン）の2階建てグリーン車で行くと思います。
でも自由席なので、座れるかがちょっと心配です。

大井川鐵道 地名駅の川根索道トンネルでは？
と思いましたが、山掘ったトンネル、海底トンネルなどジャンル分けすると結構候補地が増えるのかもしれないですね。https://news.mynavi.jp/article/trivia-62/

ちなみに、JR東日本で一番短いトンネルは、五能線の十二湖～陸奥岩崎間にある仙北岩トンネルで、長さは9.5mだそうです。

まぁ単純にトラブル防止と防水・防雪目的も込めた構造の簡略化があると思います。
都心からあまり出たことのない人たちは、「開けたら閉める」という、半自動ドアが当たり前の文化圏の習慣を知りませんから、悪気なく開けっ放しなんですよね。我々鉄道ファンならその土地の慣習をすぐに感じ取って対応できますが、一般的な都会人はそこまで気が利けないものなんだろうな〜と。（注意して揉めるのも面倒なので、地元の人に溶け込んで「開けたら閉めてほしいよね〜寒いしさ〜」と役者を演じたりしつつ…(微笑)）

相模線や八高線、久留里線で使われたキハ30形、キハ35形、キハ38形も、車体外側の扉部分の押しボタンは開くためのものでしたね。

西武鉄道の東村山駅と西武園駅を結ぶ西武園線は、早朝と夕方に国分寺線と直通運転を行っている以外は線内運用となっていて、新宿線への直通運転は行われていません。
以前のように、各駅停車や急行で新宿線に直通してくれればと思います。

↓安栖里～立木間のSカーブはこの辺りでしょうか？
https://goo.gl/maps/ZeFtGTnbNuxRmSiy8

架線中が手前側なので、列車の先頭が架線中にかからないように注意しなくてはなりませんね。
非電化時代は有名撮影地だったのではないでしょうか？

名古屋市営地下鉄の上飯田線を名鉄小牧線に編入というのはどうでしょうか。
どうせ名鉄の運転士が運転しているのだし。
施設は現状＝上飯田連絡線持ちのままでいいので…（平安通駅は共同使用駅にすればいいし）

東京メトロ東西線と乗り入れている東葉高速鉄道を東京メトロ化してしまうのはどうでしょう？
でも、建設費が大幅にかかっているので、運賃は安くならないでしょうね。

2030年の時点で相模線の205系500番台が走っていたら、すごいことだと思います。
製造年が1990年ですから、40年も使われていることになります。

唯一やるのであれば、宇品港に繋げてみるのはどうでしょう？
松山航路(スーパージェット&フェリー)とのリンクを想定したものです。中心街はあくまでも紙屋町周辺ですから、ビジネス利用も一定数見込まれる松山航路と地下鉄(アストラムライン延伸)で結ばれれば効果もあるんじゃないかな…と。

因みに広島駅へは新白島が乗換駅化したので不要かと思われます。

以前に上京した際、平日の日中時間帯に途中駅からつくばエクスプレスに乗車したのですが、各駅停車でも着席することができませんでした。それだけ利用者が多いんですね。

現在JR東海が保有する電車で、国鉄時代に投入されたのは211系0番台の4両編成×2本のみです。ロングシートではなく、ボックスシートとなっているのが特徴です。
神領電車区に所属していて、中央本線名古屋～南木曽間や朝と夕以降の関西本線名古屋～亀山間で運転されているそうです。
2編成しかないため、乗車するのはちょっと難しいかもしれません。

夏は暑がり、冬は寒がりですので、強冷房車と強暖房車を希望します。

横浜市交通局の記者発表で「枕木の損傷が激しく、台車のジャッキアップに時間を要しています」と記載していますね。